Análisis preliminar de la potencialidad de las diferentes subregiones genómicas de SARS-Cov-2 para su uso como marcadores filogenéticos

Mario Pupo Meriño, Jorge Alejandro Jiménez Garí, Camila Castro Martínez, Kamila Alejandra Ramaya Soler, Antonio De Jesús Oliva Gregorio, Pablo Enmanuel Ramos Bermudez, Yasniel Yoan Rodriguez Cruz, Lienny Morffi Hidalgo, Cecilia De La Caridad González González

Resumen


El uso de herramientas filogenéticas pudiera ser clave en la toma de decisiones en el manejo de las epidemias. La reconstrucción filogenética requiere de marcadores apropiados, que contengan la información necesaria y permitan reconstruir la historia evolutiva del patógeno. Para el estudio el SARS-Cov-2 a nivel internacional se han secuenciado múltiples genomas completos del virus partiendo de aislados de varios países. Esta información, disponible en bases de datos internacionales, ha facilitado la realización de estudios filogenómicos. En el caso de Cuba, las capacidades tecnológicas no permiten secuenciar genomas completos, lo que obliga a evaluar las diferentes regiones genómicas del SARS-Cov-2 para su potencial uso como fuentes de información. En este trabajo se describe un análisis, realizado a inicios de la pandemia, de las regiones genómicas del SARS-Cov-2, para evaluar su posible uso como marcadores filogenéticos. Para ello se emplearon secuencias y herramientas públicas, teniendo en cuenta su variabilidad, tendencia a la saturación y presencia de ruido, además de evaluar su capacidad para reconstruir las mismas relaciones filogenéticas que las obtenidas con el análisis de todo el genoma.  Debido a la relativamente baja tasa evolutiva del virus, y al poco tiempo transcurrido desde el comienzo de la transmisión del SARS-Cov-2 en humanos en el momento del estudio, se observa que la variabilidad en las regiones genómicas individuales no aporta el mismo nivel de información, que el genoma completo, y que la longitud del segmento seleccionado y el muestreo taxonómico son determinantes en la capacidad resolutiva de los métodos filogenéticos empleados.

Palabras clave


SARS-Cov-2; filogenética; señal filogenética; marcador filogenético; saturación

Texto completo:

PDF

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.




_________________________________________________________________________________________________________

La Universidad de las Ciencias Informáticas (UCI), a través del sello editorial Ediciones Futuro, publica los contenidos de la Revista Cubana de Ciencias Informáticas (RCCI) bajo licencia Creative Commons de tipo Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0). Esta licencia permite a otros distribuir, mezclar, ajustar y construir a partir de su obra, incluso con fines comerciales, siempre que le sea reconocida la autoría de la creación original.
_________________________________________________________________________________________________________

 INDEXACIÓN