Desarrollo de una nueva versión de BioBlender, un módulo de Blender para visualización de biomoléculas

Pablo Enmanuel Ramos Bermúdez, Mario Pupo Meriño, Monica Zoppé, Tiziana Loni, Edisel Navas Conyedo

Resumen


Las macromoléculas biológicas, como las proteínas y los ácidos nucleicos, son los motores principales de la célula viva. Conocer su estructura tridimensional y la manera en que interactúan entre ellas y con el entorno, contribuye a entender el funcionamiento de la maquinaria celular. Dentro la visualización científica, se encuentra el arte y la ciencia de la animación 3D, técnica utilizada por diversos programas, como, por ejemplo, el software de modelado 3D de código abierto Blender. Precisamente, sobre la base de este fue desarrollado el paquete de software BioBlender, un módulo de Blender que permite la representación intuitiva de propiedades de superficie de biomoléculas, mostrando su superficie de manera fotorrealista, permitiendo así la visualización de complejas propiedades como el potencial electrostático y el potencial lipofílico molecular. BioBlender fue desarrollado y mantenido por la Unidad de Visualización Científica del Consejo Nacional de Investigación de Italia, para una versión ya caducada de Blender, por lo que es necesario desarrollar una nueva versión que se integre a los cambios vigentes en Blender, constituyendo el objetivo de la investigación. Para ello, se ha hecho uso de modelos extraídos de la base de datos biológica Protein Data Bank, de herramientas de desarrollo como el entorno de desarrollo integrado PyCharm y de la utilización exclusiva del lenguaje de programación Python con librerías científicas como Numpy, Scipy y Prody. A pesar de los avances significativos, el trabajo sigue en curso, en desarrollo de nuevo métodos y técnicas para construir una secuencia razonable de movimiento para las proteínas.


Palabras clave


BioBlender; lenguaje de programación Python; Blender; visualización molecular.

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