Predictor de interacciones entre estructuras secundarias de proteínas

Julio César Quintana-Zaez, Nicolás Quintana-Bernabé, Reinaldo Molina-Ruiz, Cosme E. Santiesteban-Toca

Resumen


Los métodos de predicción de mapas de contacto son un paso intermedio para la predicción de estructuras de proteínas. A pesar de los avances logrados la precisión de las predicciones continúa por debajo del umbral deseado. Una vía mediante la cual el desempeño de estos métodos puede ser elevado es realizando la predicción de las interacciones entre estructuras secundarias. En este artículo se realiza un estudio de la influencia de las interacciones en el plegamiento de las proteínas. Donde, se propone un novedoso meta multiclasificador basado en árboles de decisión para predecir dichas interacciones. El método consiste en un esquema que combina el resultado de diferentes multiclasificadores especializados en las interacciones en el mapa de contacto final. El conjunto de proteínas empleado para validad el modelo contó con 2020 elementos y fue dividido en cuatro particiones, con respecto a su tamaño. La capacidad de generalización promedio alcanzada para los cuatro grupos de proteínas es de 51% de precisión, con una sensibilidad de 74%. El mejor desempeño del algoritmo se logró en proteínas de tamaño medio donde se alcanzó un 55% de precisión.


Palabras clave


mapa de contacto, multiclasificadores, árboles de decisión, interacciones, estructuras secundarias

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