Sistema para la extracción de información de proteínas y péptidos

Cosme Ernesto Santiesteban-Toca, Liuben López Aparicio

Resumen


El auge de las investigaciones en el área de las proteínas ha generado el desarrollo de grandes bases de datos en línea. El principal inconveniente de estas bases de datos es la descarga individual de las proteínas, lo cual se acrecienta con la dimensión de la búsqueda. Sin embargo, no se cuenta con una herramienta que extienda las funcionalidades de buscadores como PDBSelect, al análisis de las cadenas peptídicas y permita trabajar de forma conectada o desconectada al PDB. Por lo que en este artículo se presenta una herramienta que permite la búsqueda en cadenas peptídicas dentro del set de proteínas, así como de homologías entre proteínas y péptidos. Esta nueva herramienta facilita la selección y criba de proteínas, entre otras funciones de gran interés. Extendiendo las funcionalidades de PDBSelect, al permitir la búsqueda en cadenas peptídicas dentro del set de proteínas, así como de homologías entre proteínas y péptidos. La herramienta propuesta permite el trabajo de forma conectada o desconectada al PDB. El análisis de un caso de estudio permitió demostrar cómo, en apenas seis pasos sencillos, se logra obtener un conjunto de proteínas y subsecuencias peptídicas que permitan a los investigadores realizar posteriores investigaciones con estas.


Palabras clave


Herramienta bioinformática, búsqueda, péptidos, proteínas, alineamiento de secuencias, base de datos de proteínas

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