ANÁLISIS DE LA ESCALABILIDAD DEL CÁLCULO PARALELO DE MEDIDAS DE SIMILITUD ENTRE PARES DE GENES

Addel Arnaldo Goya Jorge, Deborah Galpert Cañizares, Reinier Millo Sánchez, Claudia Companioni Brito

Resumen


El presente trabajo analiza la escalabilidad de una implementación paralela del cálculo de medidas de similitud entre pares en la detección de genes ortólogos. El análisis se realiza mediante el uso de métricas de calidad como la aceleración y la eficiencia que se calculan para algoritmos de cálculo del alineamiento par a par de secuencias y de cálculo de la similitud del perfil físico-químico de las proteínas. Los experimentos realizados en un conjunto de datos de dos genomas arrojan una mejora en el tiempo de ejecución de las implementaciones paralelas. No obstante, la escalabilidad de los algoritmos continúa siendo un objetivo de nuevas implementaciones

Palabras clave


medidas de similitud, programación paralela, complejidad temporal, escalabilidad

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