Análisis del uso de las bibliotecas gsl y lapack en la construcción de árboles filogenéticos

Leonardo Del Toro Melgarejo, Daniel Gálvez Lio, Ricardo Sánchez Alba

Resumen


Un árbol filogenético o árbol de la evolución es un diagrama de ramificación o "árbol" que muestra las relaciones evolutivas entre las diferentes especies biológicas sobre la base de similitudes y diferencias en sus características físicas o genéticas. En el estudio del proceso evolutivo se emplean, entre otros, los métodos para construir árboles filogenéticos basados en la distancia genética entre parejas de secuencias de ADN o proteínas, que requieren un alineamiento múltiple como información de entrada. En estos, los datos utilizados se presentan en una matriz de distancias obtenida a partir del alineamiento de las secuencias, de acuerdo a algún modelo biológico. Algunos de estos métodos se basan en el criterio de mínima evolución, donde el mejor árbol es aquel que minimiza la longitud de las ramas internas. Para encontrar este árbol se puede emplear un método de ajuste basado en los mínimos cuadrados (LS). Este ajuste se emplea para estimar las longitudes de las ramas entre todas las topologías posibles, seleccionando aquella que minimice tanto como sea posible la diferencia entre la distancia dada y la pronosticada. Su solución es analítica, y puede obtenerse a partir de un sistema de ecuaciones lineales. Para resolver estos sistemas existen múltiples bibliotecas matemáticas. Entre ellas, la biblioteca GSL brinda una interfaz más confortable, mientras que la biblioteca LAPACK presenta un rendimiento superior. En este trabajo se comparan los resultados obtenidos al emplear ambas bibliotecas en la implementación del método LS para la construcción de árboles filogenéticos.

Palabras clave


árbol, bibliotecas, filogenética, gsl, lapack, mínimos cuadrados

Texto completo:

PDF

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.




_________________________________________________________________________________________________________

La Universidad de las Ciencias Informáticas (UCI), a través del sello editorial Ediciones Futuro, publica los contenidos de la Revista Cubana de Ciencias Informáticas (RCCI) bajo licencia Creative Commons de tipo Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0). Esta licencia permite a otros distribuir, mezclar, ajustar y construir a partir de su obra, incluso con fines comerciales, siempre que le sea reconocida la autoría de la creación original.
_________________________________________________________________________________________________________

 INDEXACIÓN